Năm 1966, huyện Bắc Hà thuộc tỉnh Lào Cai được chia tách thành huyện Bắc Hà mới và huyện Si Ma Cai, xã Thào Chư Phìn thuộc huyện Si Ma Cai[3].

Năm 1975, các tỉnh Yên Bái, Lào Cai và Nghĩa Lộ (trừ huyện Bắc Yên và huyện Phù Yên) sáp nhập thành tỉnh Hoàng Liên Sơn, xã Thào Chư Phìn thuộc huyện Si Ma Cai, tỉnh Hoàng Liên Sơn[4].

Năm 1979, huyện Si Ma Cai lại sáp nhập vào huyện Bắc Hà, xã Thào Chư Phìn thuộc huyện Bắc Hà, tỉnh Hoàng Liên Sơn[5].

Năm 1991, tỉnh Hoàng Liên Sơn chia tách thành 2 tỉnh là Yên Bái và Lào Cai, xã Thào Chư Phìn thuộc huyện Bắc Hà, tỉnh Lào Cai[6].

Năm 2000, xã Thào Chư Phìn thuộc huyện Si Ma Cai mới tái lập[7].